Wenlong Shen's Blog

不宠无惊过一生

Preliminary Introduction to Transposable Elements

转座元件初探

不知何所往，不知何所归转座元件存在于几乎所有的生物体内，它们像幽灵一样出现，又随意在基因组内复制、迁移，是自私的入侵者，还是孤独的流浪者？ Barbara McClintock默默发表着自己关于转座元件的论文，苦苦等待了学界二十余年才获得诺贝尔奖。然而这么多年过去，我们仅仅只是认识到...

Posted by Wenlong Shen on December 21, 2017

测序技术

DNA序列：生命之钥

NGS：Next Generation Sequencing。一般地，习惯把454、Solexa、SOLiD为主的测序称为二代，基于单分子或者半导体芯片的称为三代。 1953年4月，Watson和Crick关于DNA双螺旋结构的文章发表于Nature，成为生物学研究的里程碑。此后，生命科...

Posted by Wenlong Shen on August 22, 2017

消失的衣柜

一晃五六年

衣服不见了。具体说应该是装衣服的柜子不见了，虽然只是一年穿不了几回的工作制服，仍然感觉是自己的一段时光不见了。或许也怨不得别人，本来就要废弃的柜子，快两年了不收拾，还不得被别人扔了。却又想起今天在微博里转的帖子，说缺乏安全感的孩子不知道什么是好的，也学不会主动。这些年一直如此，不上学了就不...

Posted by Wenlong Shen on May 9, 2017

The ASA's Statement on p-Values

美国统计协会吐槽p值

Q: Why do so many colleges and grad schools teach p = 0.05? A: Because that’s still what the scientific community and journal editors use. Q: Why...

Posted by Wenlong Shen on April 23, 2017

Circos基础（4）

数据整合heatmaps scatter histogram

延续上一章，本章接着介绍heatmaps、scatter、histogram数据作图。 Heatmaps 热图能够直观地显示不同样本、位点之间的差异及聚类情况，是一个展示基因组不同区域不同特性的有效手段，常用于基因表达差异、表观遗传修饰差异等多种分析中。Circos通过type = hea...

Posted by Wenlong Shen on March 29, 2017

Circos基础（3）

数据整合links highlights text

基本配置做好，接下来就是将各种各样的数据整合进circos环图里了，本章主要介绍links、highlights、text数据作图。 Links Links主要试图利用连线关系，表明染色体上不同位置之间的联系。这在实际生物学问题中很常用，因为基因组往往在功能调控、空间结构上存在相互作用关系...

Posted by Wenlong Shen on March 26, 2017

Circos基础（2）

图形配置

本章主要对circos环图中最基本的元素进行设置，包括karyotype、ideogram、ticks等模块。 Karyotype Karyotype的信息就如同坐标轴一般，其大小、顺序、位置等直接决定了后续数据的展示。这里我们新建一个karyotype.conf文件用来设置karyoty...

Posted by Wenlong Shen on March 22, 2017