Wenlong Shen's Blog

不宠无惊过一生

Phylogenetic Trees

系统发生树

一灯长夜佛前明，庭树枝多宿鸟争生物的起源与进化，种群的分布与扩散，一直是领域内的研究热点。但是如何描述、评价多物种或基因之间的远近亲疏关系？“树”的思想很好地解决了这一问题，同时也催生了系统发生学分析方法。而对于我们来说，利用该分析方法进行基因组不同元件之间历史进化关系的鉴定和识别，是...

Posted by Wenlong Shen on January 13, 2018

Preliminary Introduction to Transposable Elements

转座元件初探

不知何所往，不知何所归转座元件存在于几乎所有的生物体内，它们像幽灵一样出现，又随意在基因组内复制、迁移，是自私的入侵者，还是孤独的流浪者？ Barbara McClintock默默发表着自己关于转座元件的论文，苦苦等待了学界二十余年才获得诺贝尔奖。然而这么多年过去，我们仅仅只是认识到...

Posted by Wenlong Shen on December 21, 2017

测序技术

DNA序列：生命之钥

NGS：Next Generation Sequencing。一般地，习惯把454、Solexa、SOLiD为主的测序称为二代，基于单分子或者半导体芯片的称为三代。 1953年4月，Watson和Crick关于DNA双螺旋结构的文章发表于Nature，成为生物学研究的里程碑。此后，生命科...

Posted by Wenlong Shen on August 22, 2017

消失的衣柜

一晃五六年

衣服不见了。具体说应该是装衣服的柜子不见了，虽然只是一年穿不了几回的工作制服，仍然感觉是自己的一段时光不见了。或许也怨不得别人，本来就要废弃的柜子，快两年了不收拾，还不得被别人扔了。却又想起今天在微博里转的帖子，说缺乏安全感的孩子不知道什么是好的，也学不会主动。这些年一直如此，不上学了就不...

Posted by Wenlong Shen on May 9, 2017

The ASA's Statement on p-Values

美国统计协会吐槽p值

Q: Why do so many colleges and grad schools teach p = 0.05? A: Because that’s still what the scientific community and journal editors use. Q: Why...

Posted by Wenlong Shen on April 23, 2017

Circos基础（4）

数据整合heatmaps scatter histogram

延续上一章，本章接着介绍heatmaps、scatter、histogram数据作图。 Heatmaps 热图能够直观地显示不同样本、位点之间的差异及聚类情况，是一个展示基因组不同区域不同特性的有效手段，常用于基因表达差异、表观遗传修饰差异等多种分析中。Circos通过type = hea...

Posted by Wenlong Shen on March 29, 2017

Circos基础（3）

数据整合links highlights text

基本配置做好，接下来就是将各种各样的数据整合进circos环图里了，本章主要介绍links、highlights、text数据作图。 Links Links主要试图利用连线关系，表明染色体上不同位置之间的联系。这在实际生物学问题中很常用，因为基因组往往在功能调控、空间结构上存在相互作用关系...

Posted by Wenlong Shen on March 26, 2017