一灯长夜佛前明，庭树枝多宿鸟争
生物的起源与进化，种群的分布与扩散，一直是领域内的研究热点。但是如何描述、评价多物种或基因之间的远近亲疏关系？“树”的思想很好地解决了这一问题，同时也催生了系统发生学分析方法。而对于我们来说，利用该分析方法进行基因组不同元件之间历史进化关系的鉴定和识别，是推断其潜在生物学功能、基因组三维高级结构等的新思路。
根、枝、叉、叶是树的基本规则，有时间原点、有祖先起点便是根，有时间尺度、距离远近便是枝，突变、转座、重复便是叉。我们研究基因组元件，DNA序列层面的差异，为判断彼此之间的进化关系提供了最直观的数据，而三维高级结构（如TAD等）则带来了新的生物学意义的考量，如何整合一维和三维信息将是新算法的突破点。
