Wenlong Shen's Blog

不宠无惊过一生

RNA大语言模型简介

A brief introduction to RNA LLMs

天地有大美而不言，四时有明法而不议，万物有成理而不说。 “Attention Is All You Need”。注意力机制、大语言模型的出现，将人工智能提升到了前所未有的高度，就此，人类社会的发展也进入了一个全新的维度。而这一新的范式，究竟能为生物学领域的研究带来怎样的改变？答案似乎取决...

Posted by Wenlong Shen on December 19, 2024

校友录更新

Alumni records update

从心所欲不逾矩？时值高中迁校20周年，有老师急于联系问询我的现状，也辗转找了不少同学。我知道他的好意与难处，却依然不愿回信。不是每个人都需要被找到，不是每个人都需要被记得，人生海海，不过尔尔。厌倦了去辩论活着的意义、人与社会的关系等等，抑郁越来越严重，孩子的到来尤其加重了我对于生活的无...

Posted by Wenlong Shen on July 1, 2023

全基因组测序简要分析流程

A brief pipeline for wgs data analysis

中国有人焉，非阴非阳，处于天地之间，直且为人，将反于宗。自人文哲学到生物分子，人类对于生命的追问，对于自身奥秘的探索，从未停止过。基因组，蕴含生命线索的密码书，漫漫其修远兮，吾将上下而求索。我们知道人与人之间在基因组层面存在诸多差异，SNP、Indel、CNV、SV等，这些差异可能跟性...

Posted by Wenlong Shen on May 28, 2020

关于唯一比对和序列冗余

Unique mapping & Duplicates

技术服务于思想比对高通量测序要么是为了拼接组装出一套完整的基因组，要么是为了得到感兴趣区域的序列信息，对于后一种情况，我们需要利用比对这一手段来确定序列在基因组的位置。二代测序常用的比对软件有BWA、Bowtie2、SOAP等。基因组上存在大量序列重复的片段，它们在测序、比对时都会...

Posted by Wenlong Shen on April 8, 2020

关于人类基因组的一些说明

Reference genome

参考参考 GRC 人类基因组计划之初，曾试图勾勒出一套完整的、一致性的基因组序列图谱，但无论是测序技术、组装算法还是基因组本身的多样性问题，都让这套“纯粹的”参考基因组无法实现。目前的人类参考基因组由Wellcome Sanger Institute、EBI、NCBI等多家研究机构成员组成...

Posted by Wenlong Shen on March 26, 2020

宏基因组常用分析流程简介

Pipelines for metagenomic data analysis

比对鉴定，拼接组装，功能分析我们简要介绍两个常用的宏基因组数据分析工具包。 bioBakery workflows bioBakery来自于The Huttenhower Lab，开发者们提供了多种多样的宏基因组数据分析工具，特别地，搭建了一套workflow以用于处理16S、宏基因组...

Posted by Wenlong Shen on March 3, 2020

宏基因组分析方法初探

From sampling to analysis

探究微生物组，解构身边熟悉的陌生环境随着测序通量越来越高，价格成本越来越低，痕量微生物也难逃深度测序的挖掘。在高通量测序技术的辅助下，宏基因组学研究飞速发展，十多年来，在环境微生物鉴定、共生菌研究、营养学研究、肠道微生物对人体生理影响等方面取得了诸多进展。一个标准的分析流程通常包括以下...

Posted by Wenlong Shen on February 25, 2020